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Tutorials and notes. The GROMACS series (in Korean) goes from installing GROMACS to building and simulating a gas hydrate. The rest are short notes on how I work.튜토리얼과 노트예요. GROMACS 시리즈는 설치부터 가스 하이드레이트를 만들고 시뮬레이션하는 데까지 다뤄요. 나머지는 일하는 방식에 관한 짧은 노트예요.
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GROMACS seriesGROMACS 시리즈
Start with the reading list and the install, build a hydrate, watch an inhibitor at work, then the tricks that keep long runs alive. Input files (.mdp, .gro, .pdb, .top) download from each page.읽을거리와 설치로 시작해, 하이드레이트를 만들고, 억제제가 작동하는 모습을 본 뒤, 긴 계산을 버티게 하는 요령까지 다뤄요. 입력 파일(.mdp, .gro, .pdb, .top)은 각 페이지에서 받을 수 있어요.
- 시작 전 참고할 만한 읽을 거리들01 · KO
- 튜토리얼 0: Ubuntu & GROMACS 설치하기02 · KO
- 튜토리얼 1: 가스 하이드레이트 구조 제작 및 시뮬레이션 해보기03 · KO
- 튜토리얼 2: 하이드레이트 저해제 유무에 따른 하이드레이트 성장 관찰해보기04 · KO
- 튜토리얼 2, Google Colaboratory에서 실행시켜보기05 · KO
- 튜토리얼 3: 시스템 내 원하는 분자들 내맘대로 선택하기06 · KO
- GROMACS에서 도중 멈춘 계산을 다시 재개하는 법07 · KO
- GPU 계산이 가능한 GROMACS 설치하기08 · KO
- 트래젝토리 파일에서 Origin을 새로 잡는 방법09 · KO
Notes노트
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